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产品/09.16 · 00:00/5 MIN/编译自 杰西卡/0 阅读

补齐科研闭环,力文所发布蛋白质设计Agent工作台

力文所面向科研社区发布蛋白质设计工作台Lévin™ Harness。平台整合通用模型、专业算法与本地算力,通过AI智能体打通分子设计到实验调优的全流程,推动AI for Science从单点计算迈向科研闭环。

AI for Science 的技术竞争,正在向科研全流程的闭环加速延伸。

以蛋白质设计为例,尽管预测与生成模型日益强大,但研究人员要设计一个可用分子,仍需跨越繁琐环节:检索文献、查验结构、配置代码环境、向服务器提交计算任务;得到模型输出后,再切换可视化工具做构象筛选;计算跑完后,下一步策略如何调整,大多仍依赖科研人员人工拼接。

近期,海外头部机构纷纷聚焦于串联模型前后的完整研究链条:OpenAI 推出面向生命科学的 GPT-Rosalind,Anthropic 发布 Claude Science 并展示了 AI 智能体参与蛋白质设计及对接外部湿实验的能力。行业共识逐渐清晰——AI 不能仅停留在单次计算推理,更要深度介入实验方案的分析、规划与迭代。

国内团队也给出了相应解法。杭州 AI 蛋白质设计公司力文所正式发布了以 AI 智能体为核心的科研工作台 Lévin™ Harness,面向科研社区开放使用。

力文所Lévin™ Harness产品界面

以智能体驱动科研闭环

Lévin™ Harness 将数据、模型、插件工具、算力与工作流收敛至同一个 AI 智能体工作区。研究人员负责把控科研目标与关键决策,AI 智能体则承担步骤拆解、工具调用与结果分析,并在获得反馈后动态调整方案。

系统采用分层协作模式:通用大语言模型(如 DeepSeek、Qwen、Kimi、GLM 等)负责理解研究意图与任务规划;AlphaFold、ProteinMPNN、RFantibody 以及力文所自研的 Pallatom 等专业模型则处理结构预测、序列设计等具体科学计算。

力文所Lévin™ Harness系统架构

以常见的结合蛋白(Binder)设计任务为例,传统研究需要人工界定结合靶点与空间界面,再针对性设置参数并层层筛选。

靶点与结合蛋白示意

在 Lévin™ Harness 中,研究者只需用自然语言提出目标,智能体便能协助检索靶点背景并推荐候选结合位点。

为了让智能体真正“看懂”分子的三维空间构象,平台内置了三维分子可视化工具。屏幕中的残基选中、视角转换等操作会实时同步为智能体的上下文。即便研究人员在对话中输入“优化这里”这类模糊表述,系统也能精准锁定局部微环境与残基相互作用。

内置三维分子可视化工具

确定方案后,智能体将自动匹配相应的算法插件。Lévin™ Harness 采用开放的插件架构,不仅预置了主流算法的自动下载、环境配置与参数调度,还支持科研团队接入私有模型并封装专属插件。

插件与模型能力选择

在算力调度上,平台支持无缝对接本地工作站或远程 GPU 集群,将高负荷计算置于后台运行。计算完成后,智能体会自动回收产物、呈现构象评估并给出筛选建议。

算力任务调度界面

若初轮生成的分子未达标,研究团队无需从头再来,智能体可协助溯源是约束条件过紧还是骨架生成偏差,进而调整策略。实验团队产出的湿实验活性数据同样可以反哺系统,沉淀为可复用的研究工作流(Workflow)。

实验与计算闭环流转

从全原子生成到“干湿结合”伞形体系

力文所成立于 2021 年 9 月,其名称源于蛋白质科学中的经典命题“莱文瑟尔悖论”(Levinthal's paradox)——探索蛋白质如何在近乎天文数字的构象空间中迅速完成精准折叠。

Levinthal悖论示意图

创始人兼 CEO 王浩博毕业于北京大学并曾在哈佛大学从事博士后研究,师从蛋白质 AI 学者 Sergey Ovchinnikov。团队兼具计算生物学、结构生物学与实验化学背景。

此前,力文所自研的全原子蛋白质生成模型 Pallatom 曾入选 ICML 2025 Spotlight,并被 NVIDIA 官网收录为代表性蛋白质基础模型之一。

Pallatom模型架构示意

与常规先生成主链骨架再匹配侧链的方法不同,Pallatom 较早采用了全原子一体化生成路径,其 padded atom14 表征方案随后被 RFdiffusion3、BoltzGen 等业界前沿工作引用并采用。

在力文所的研发逻辑中,干实验计算必须经由湿实验闭环校验。公司在杭州建有超 3000 平方米的产业化实验平台,配齐发酵、均质、层析等中试设备。

力文所实验与产业化平台

这种“干湿结合”的研发体系已取得实际商业化进展:其自研的甜菊糖苷酶制剂转化率达到 95%,生产成本下降 50%;利用 AI 重组表达法生产的巴西甜蛋白纯度达到 90%,成本缩减至传统植物提取法的十分之一。

传统分散的研发流程

守护数据边界,赋能机构搭建专属科研系统

随着算法工具日益繁复,研究人员耗费在整理脚本、格式互转与环境调试上的精力不降反升。Lévin™ Harness 正是力文所将内部自用效率工具标准化后开放给外部的产物。

灵活配置的工作流

面向药企与科研机构落地时,数据边界与安全策略是关键考量。未公开的靶点构象、设计序列和筛选失败记录都是机构的核心机密。对此,Lévin™ Harness 实行数据本地化隔离方案:用户的科研项目数据、对话记录与 API 凭证均存放于本地,力文所不收集私有数据用于模型训练。

本地数据安全隔离

依托这种机制,科研机构既能利用通用模型与开源算法的能力,又能将实验参数、筛选阈值与决策逻辑沉淀为机构私有的可执行工作流,避免经验散落流失。

沉淀复用工作流

Lévin™ Harness 目前已支持搭载 Apple 芯片的 Mac 平台,力文所后续计划持续打通计算端与自动化湿实验平台的连接,逐步向“24小时智能研发实验室”的目标迈进。

智能研发闭环远景

当基础算法与模型推理逐渐成熟,AI for Science 的竞争重心正转向真实复杂科研流程的组织与工程落地。如何让多模型协同并接入真实实验链路,将决定 AI 能否真正重塑生命科学产业的研发范式。

标签:AI for ScienceAgent

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